Kantor Wilayah Kalimantan Timur berdiri sejak tahun 1982, awal berdirinya Kantor Wilayah Departemen Kehakiman Propinsi Kalimantan Timur berkantor di Gedung Joeang Jalan pahlawan Samarinda tepatnya disamping Taman makam pahlawan dengan Kepala Kantor Drs. Sarwono, Bc. Ak beliau menjabat sebagai Kepala Kantor dari tahun 1982 s.d 1985. Hingga sampai dengan tahun 2017 Kantor Wilayah Kemenetrian Hukum dan HAM Kalimantan Timur telah berganti Kepala Kanwil sebanyak 15 Kepala Kanwil dan sekarang berkedudukan si Jalan MT.Haryono No.38.
Berdasarkan Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor 30 tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah disebutkan bahwa Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia adalah instansi vertikal Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia yang dipimpin oleh seorang kepala Kantor Wilayah yang mengkoordinasikan pelaksanaan tugas para kepala divisi. Kanwil Kemenkumham terdiri dari 4 (empat) divisi yang terdiri dari:
- Divisi Administrasi, yang mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang pembinaan dan dukungan administrasi di lingkungan Kantor Wilayah berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan dan kebijakan yang ditetapkan oleh Sekretaris Jenderal;
- Divisi Pemasyarakatan, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang Pemasyarakatan berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Direktur Jenderal Pemasyarakatan;
- Divisi Keimigrasian, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang keimigrasian berdasarkan kebijakan yang ditetapkan oleh Direktur Jenderal Imigrasi;
- Divisi Pelayanan Hukum dan Hak Asasi Manusia, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang Pelayanan Hukum dan Hak Asasi Manusia berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Kalimantan Timur membawahi 23 (Dua puluh Tiga) Unit Pelaksana Teknis, yang terdiri dari 9 (Sembilan) Lembaga Pemasyarakatan, 4 (Empat) Rumah Tahanan, 3 (Tiga) Balai Pemasyarakatan, 1 (Satu) Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara, 5 (lima) Kantor Imigrasi dan 1 (Satu) Rumah Detensi Imigrasi.